クレジット販売したお客さんから領収書の発行を依頼された場合、通常の販売と同じように5万円を超えた時には印紙を貼らなければならないのでしょうか?
結論から言うと印紙はいりません。ただし、クレジット決済である旨を領収書に記載する必要があります。
売上代金の領収書は第17号の1文書（売上代金に係る金銭又は有価証券の受取書）と言われるものですが、印紙税法基本通達には次のように規定されています。
印紙税法基本通達 第17号文書
1 売上代金に係る金銭又は有価証券の受取書
2 金銭又は有価証券の受取書で1に掲げる受取書以外のもの
（金銭又は有価証券の受取書の意義）
1 「金銭又は有価証券の受取書」とは、金銭又は有価証券の引渡しを受けた者が、その受領事実を証明するため作成し、その引渡者に交付する単なる証拠証書をいう。（平元間消3－15改正、平20課消3－74改正）
（注） 文書の表題、形式がどのようなものであっても、また「相済」、「完了」等の簡略な文言を用いたものであっても、その作成目的が当事者間で金銭又は有価証券の受領事実を証するものであるときは、第17号文書（金銭又は有価証券の受取書）に該当するのであるから留意する。
（受取書の範囲）
2 金銭又は有価証券の受取書は、金銭又は有価証券の受領事実を証明するすべてのものをいい、債権者が作成する債務の弁済事実を証明するものに限らないのであるから留意する。
クレジット決済にはご存じのとおりクレジット会社を通じて決済するわけですから、直接、販売会社と購入者が金銭の収受をするわけではありません。
というわけで、クレジット決済のお客様から領収書の発行を依頼された場合は、しっかりその旨記載して、印紙代を節約するように心がけないといけませんね。
印紙税の取り扱いについてまとめていますので、ぜひ、ご覧ください。