相続税法上、取引相場のない株式を「純資産価額方式」で評価した際に生じる含み益に対する法人税等相当額37％を控除して評価することができます。
財産基本通達186－2
（評価差額に対する法人税額等に相当する金額）
185((純資産価額))の「評価差額に対する法人税額等に相当する金額」は、次の(1) の金額から（2）の金額を控除した残額がある場合におけるその残額に37％（法人税（地方法人税を含む。）、事業税（地方法人特別税を含む。）、道府県民税及び市町村民税の税率の合計に相当する割合）を乗じて計算した金額とする。（昭47直資3－16追加、昭49直資5－14・昭56直評18・昭58直評5外・昭59直評5外・昭62直評11外・平元直評7外・平2直評4外・平6課評2－8外・平10課評2－5外・平11課評2－12外・平12課評2－4外・平18課評2－27外・平22課評2-18外・平24課評2-8外・平26課評2-9外・平27課評2-5外・平28課評2-10外改正）
（1） 課税時期における各資産をこの通達に定めるところにより評価した価額の合計額（以下この項において「課税時期における相続税評価額による総資産価額」という。）から課税時期における各負債の金額の合計額を控除した金額
（2） 課税時期における相続税評価額による総資産価額の計算の基とした各資産の帳簿価額の合計額（当該各資産の中に、現物出資若しくは合併により著しく低い価額で受け入れた資産又は会社法第2条第31号の規定による株式交換（以下この項において「株式交換」という。）若しくは会社法第2条第32号の規定による株式移転（以下この項において「株式移転」という。）により著しく低い価額で受け入れた株式（以下この項において、これらの資産又は株式を「現物出資等受入れ資産」という。）がある場合には、当該各資産の帳簿価額の合計額に、現物出資、合併、株式交換又は株式移転の時において当該現物出資等受入れ資産をこの通達に定めるところにより評価した価額から当該現物出資等受入れ資産の帳簿価額を控除した金額（以下この項において「現物出資等受入れ差額」という。）を加算した価額）から課税時期における各負債の金額の合計額を控除した金額
（注）
1 現物出資等受入れ資産が合併により著しく低い価額で受け入れた資産（以下(注)1において「合併受入れ資産」という。）である場合において、上記(2)の「この通達に定めるところにより評価した価額」は、当該価額が合併受入れ資産に係る被合併会社の帳簿価額を超えるときには、当該帳簿価額とする。
2 上記(2)の「現物出資等受入れ差額」は、現物出資、合併、株式交換又は株式移転の時において現物出資等受入れ資産をこの通達に定めるところにより評価した価額が課税時期において当該現物出資等受入れ資産をこの通達に定めるところにより評価した価額を上回る場合には、課税時期において当該現物出資等受入れ資産をこの通達に定めるところにより評価した価額から当該現物出資等受入れ資産の帳簿価額を控除した金額とする。
3 上記(2)のかっこ書における「現物出資等受入れ差額」の加算は、課税時期における相続税評価額による総資産価額に占める現物出資等受入れ資産の価額（課税時期においてこの通達に定めるところにより評価した価額）の合計額の割合が20％以下である場合には、適用しない。
引用元：国税庁ホームページ
ただし、子会社株式の評価については取り扱いが違うので注意が必要です。
子会社株式の相続税評価は評価差額に対する法人税相当額を控除しない
上場有価証券以外の子会社株式の評価にあたり相続税評価額を使う場合は、帳簿価額と時価との差額について法人税相当額を控除することができません。
法人税法基本通達9-1-14
（上場有価証券等以外の株式の価額の特例）
法人が、上場有価証券等以外の株式（9－1－13の(1)及び(2)に該当するものを除く。）について法第33条第2項《資産の評価換えによる評価損の損金算入》の規定を適用する場合において、事業年度終了の時における当該株式の価額につき昭和39年4月25日付直資56・直審（資）17「財産評価基本通達」（以下9－1－14において「財産評価基本通達」という。）の178から189－7まで《取引相場のない株式の評価》の例によって算定した価額によっているときは、課税上弊害がない限り、次によることを条件としてこれを認める。（昭55年直法2－8「三十一」により追加、昭58年直法2－11「七」、平2年直法2－6「三」、平3年課法2－4「八」、平12年課法2－7「十六」、平12年課法2－19「十三」、平17年課法2－14「九」、平19年課法2－17「十九」により改正）
(1) 当該株式の価額につき財産評価基本通達179の例により算定する場合 （同通達189－3の(1)において同通達179に準じて算定する場合を含む。）において、当該法人が当該株式の発行会社にとって同通達188の(2)に定める「中心的な同族株主」に該当するときは、当該発行会社は常に同通達178に定める「小会社」に該当するものとしてその例によること。
(2) 当該株式の発行会社が土地（土地の上に存する権利を含む。）又は金融商品取引所に上場されている有価証券を有しているときは、財産評価基本通達185の本文に定める「1株当たりの純資産価額（相続税評価額によって計算した金額）」の計算に当たり、これらの資産については当該事業年度終了の時における価額によること。
(3) 財産評価基本通達185の本文に定める「1株当たりの純資産価額（相続税評価額によって計算した金額）」の計算に当たり、同通達186－2により計算した評価差額に対する法人税額等に相当する金額は控除しないこと。
引用元：国税庁ホームページ
そもそも、「評価差額に対する法人税額等に相当する金額」を控除して計算する金額は相続税評価額を計算するときのものであり、時価評価にあたって法人税相当額を控除してしまうと、本来の価格よりも低くなってしまいます。
子会社をたくさん作って法人税等相当額を控除すると親会社の評価がかなり下がる可能性だってあります。
そういう課税逃れを防ぐための規定なのでしょうね。